Balai Kerantinaan Kesehatan Kelas II Lhokseumawe merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Kesehatan yang berada dibawah Direktorat Jenderal Penanggulangan Penyakit Kementerian Kesehatan. Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan No 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan.
Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Lhokseumawe terdiri dari Kepala Kantor, Sub Bagian Administrasi Umum, kelompok jabatan fungsional, wilayah kerja dan Instalasi. Struktur organisasi sebagai berikut :
