Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 77 Tahun 2020 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, Kantor Kesehatan Pelabuhan yang selanjutnya disebut BKK Kelas I Lhokseumawe adalah unit pelaksana teknis di lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit.
Struktur Organisasi BKK Kelas II Lhokseumawe terdiri dari :
- Kepala Kantor
- Subbagian Administrasi Umum
- Kelompok Jabatan Fungsional
- Wilayah Kerja
- Instalasi
Untuk mewujudkan pelabuhan yang bebas dari penularan penyakit menular potensial wabah, BKK Kelas II Lhokseumawe berkomitmen melakukan berbagai upaya di bidang karantina, surveilans epidemiologi dan upaya kesehatan serta di bidang pengendalian risiko lingkungan sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 77 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan.
