Kantor Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas II Lhokseumawe merupakan Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (Ditjen P2P) yang mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit